洁净棚的压差是控制污染的有效手段:
每个洁净棚投入使用前，都应按照设计要求的自净时间来制定净化空调机组提前开启的时间。按照洁净棚的使用特点，自净时间在设计时已确定。净化空调设备管理人员应在这个时间以前开启机组(对于有值班风机的系统，这一时间可以短一点;对于无值班风机的系统，这一时间则需要长一点)。
洁净棚的压差可维持整个洁净区空气的压力梯度，保证空气从高洁净度区域流向低洁净度区域，或按指定的方向流动，是控制污染的有效手段。在制药企业及负压病房等洁净室，该压差也是控制交叉污染的有效措施。这种有序的空气流动，可确保各净化棚的洁净度及细菌数满足要求。洁净棚压差控制是靠自动控制系统对室内送风量、回风量和排风量的监控及调节来完成的。
当洁净棚的送风量大于排风量和回风量之和时，室内呈正压，净化棚内空气会经门缝等处向邻室或走廊渗透。这样，就可以抵御低压区空气中微粒的渗入，这是正常的运行工况。
